Dem Begleitausschuss obliegt gemäss Artikel 35 der Verordnung (EG) Nr. 1260/99 die Aufgabe, die Umsetzung des Programmes zu überwachen, um die Effizienz und die Qualität der Durchführung des Programmes zu gewährleisten. Er setzt sich wie folgt zusammen:

• zwei Vertreter pro Partnerland, -region -provinz des Programms (Kärnten, Salzburg, Tirol, Bozen, Friaul Julisch Venetien, Veneto)
• Vertreter jeder nationalen Verwaltung
• zwei Vertreter (je einer für die österreichische und für die italienische Seite) der Umweltbehörden
• mit beratender Funktion: eine Vertretung der Europäischen Kommission
• die Verantwortlichen der Verwaltungsbehörde und der Zahlstelle
• zwei Vertreter (je einer für die italienische und für die österreichische Seite) der Wirtschaftspartner, der Sozialpartner, der NROs, der Chancengleichheit.

Ihm sitzt im turnusmässigen Wechsel ein Vertreter der Verwaltung der Partnerländer, -regionen, -provinzen vor.

Die Autonome Provinz Bozen vertritt in ihrer Funktion als Verwaltungsbehörde und Zahlstelle das Programm gegenüber der Kommission und übt mittels des Lenkungsausschusses im Einvernehmen mit den anderen Programmpartnern, die ihr anvertrauten Funktionen aus.

Die Verwaltungsbehörde und Zahlstelle nehmen beide eine Reihe praktischer und organisatorischer Funktionen wahr, die ein bestimmtes Finanzbudget verlangen, sowie eine professionelle Struktur, welche die Erbringung der eigenen Dienstleistungen in beiden Sprachen gewährleisten kann. Außerdem erfordert die Ausübung der genannten Funktionen die Fähigkeit, Verträge zum Erwerb von Gütern und Dienstleistungen abzuschließen.

Das Technische Sekretariat unterstützt die Tätigkeit der Verwaltungsbehörde und der Zahlstelle, indem es die konkreten mit der Umsetzung des Programms verbundenen Aufgaben wahrnimmt. Das Technische Sekretariat organisiert, unterstützt und protokolliert ferner die Aktivitäten des Begleit- sowie des Lenkungsausschusses.

Dem Lenkungsausschuss obliegen die Bewertung, die Auswahl und die Formulierung einer Rangordnung der Projekte für die Zulassung zur Finanzierung.
Der Lenkungsausschuss ist eine technische Einrichtung bestehend aus je zwei Vertretern pro Partnerregion, sowie je einem Vertreter der zuständigen nationalen Behörden sowohl für Osterreich als auch für Italien und einem Vertreter der Europäischen Kommission mit Beobachterfunktion.