Il Comitato di sorveglianza, deputato a sovrintendere all'attuazione del Programma, come previsto dall'art. 35 del regolamento (CE) n. 1260/99, in modo da assicurare l'efficienza e la qualità dell'esecuzione del Programma, sarà composto da:

• due rappresentanti per ogni Regione/Provincia/Land partner del Programma (Bolzano, Carinzia, Friuli Venezia Giulia, Salisburgo, Tirolo, Veneto)
• rappresentanti di ciascuna amministrazione nazionale
• due rappresentanti (uno per parte austriaca e uno per parte italiana) dell'Autorità ambientale;

E, con funzioni consultive:

• una rappresentanza della Commissione europea
• due rappresentanti (uno per parte italiana e uno per parte austriaca) delle rappresentanze economiche, sociali, delle ONG e delle pari opportunità.

Il Comitato sarà presieduto a turno da un rappresentante delle amministrazioni partner del Programma.

La Provincia Autonoma di Bolzano, in qualità di Autorità di gestione e di pagamento, rappresenta il Programma nei confronti della Commissione, ed esercita le funzioni ad essa attribuite in modo collegiale con le altre Regioni/Provincia/Länder partner nel Programma per il tramite del Comitato di pilotaggio.
L'Autorità di gestione e di pagamento svolge una serie di funzioni pratiche ed organizzative che richiedono un budget finanziario, una struttura professionale capace di garantire i propri servizi in ambedue le lingue, una capacità contrattuale per acquisire beni e servizi.

Il Comitato di pilotaggio ha il compito di validare le operazioni di selezione dei progetti e di formulare le graduatorie dei progetti da ammettere al finanziamento.
E` un organo tecnico composto da due rappresentanti per ciascuna Regione partner, e, in qualità di osservatori, da un rappresentante dell'Amministrazione nazionale competente sia per l'Italia che per l'Austria e da un rappresentante della Commissione europea.